Der Anfang des Films ist eine für afrikanische Länder nicht ungewöhnliche Szene: eine sich die Seele aus dem Leib rennende Gazelle. Ein Schuss, ein Kameraschwenk, und dann sieht man den Grund, warum die Gazelle wie verrückt läuft. Sie wird von Jägern in einem Geländewagen verfolgt und gehetzt. Wieder ein Schuss. Eine Überblende auf Masken aus Ton, die – wie dem Zuseher vermittelt wird – von den gleichen Männern zerschossen werden, die vorher die Gazelle gejagt haben. Das nächste Ziel der Schüsse sind im Sand stehende Figuren. Sie werden erbarmungslos vernichtet. Die Schüsse verhallen, zurück bleibt ein Bild der Verwüstung. In einer Nahaufnahme werden nun die zersplitterten und durchlöcherten und doch noch menschlich anmutenden Figuren gezeigt.
Nach diesen ersten Szenen, deren Eindrücke prägend für den nun folgenden Film sein werden, entwickelt sich eine Handlung, die zeigt, wie die Menschen in der Stadt Timbuktu mit der Machtübernahme durch eine Handvoll Dschihadisten zurecht beziehungsweise nicht zurecht kommen. Durch Verschärfungen von Gesetzen und durch willkürliche Regeln zwingen sich diese der islamischen Bevölkerung auf. Sie verbieten Zigaretten, Fußbälle, Musik, und Frauen dürfen nur mehr verschleiert und mit Handschuhen auf den Markt gehen. Die Bevölkerung wehrt sich gegen diese Gesetze leise und angstvoll. Eine Szene, in der eine Gruppe Buben mit einem imaginären Fußball spielen, veranschaulicht diese stumme Auflehnung am schönsten. Sie entlarven damit die für sie nicht nachvollziehbaren Regeln als absurd. Doch die Regeln lassen sich nicht immer der Lächerlichkeit preisgeben. Der Regisseur von Timbuktu zeigt auch, was passiert, wenn man offen gegen Regeln verstößt: Steinigung, Todesurteile, bis hin zum aufwühlenden und beunruhigenden Schluss: Auf einmal ist es nicht mehr nur die Gazelle, die gejagt wird. Auf einmal werden auch Menschen gehetzt.
Gerechtigkeit wird in diesem Film als ein dehnbarer Begriff beschrieben, der einzig und allein von den Dschihadisten gemacht und auch beliebig erweitert oder verengt werden darf. Eine Frau, die singt, obwohl Singen verboten ist, wird von ihnen mit 40 Peitschenschlägen bestraft. Sie singt während der Bestrafung und trotzt damit dem Regime, trotzt der Gewalt, die das Regime anwendet. Ihr Wille lässt sich durch physische Gewalt nicht brechen. Der Film greift die Schnelligkeit dieser Hetzjagd am Anfang in allen möglichen Aspekten wie der Musik und dem Schnitt wieder auf. Die Musik bleibt zwar im Hintergrund, sie ist jedoch in den Schlüsselszenen voller Tempo und Unbeherrschtheit. Der Schnitt ist unruhig und springt zwischen den Geschichten der einzelnen Bewohner hin und her.
So etwas wie Freiheit gibt es scheinbar nicht in der Welt, die hier beschrieben wird. Wer nicht gehorcht, wird bestraft. Alles wird von der herrschenden Gruppe vorgegeben. Nichts kann selbst entschieden werden, nicht einmal, ob ein zehnjähriger Junge gerne Fußball spielen würde.
Dieser Wunsch nach Freiheit, Selbstbestimmtheit und Veränderung, der unbeugsame Wille der Unterdrückten, ist den ganzen Film über spürbar, und als es dann einmal heißt: „All das wird eines Tages ein Ende haben“, kann man es beinahe glauben.